Predefinição:Campeonato Brasileiro de Futebol de 2016 - Série C (fase final)
Em itálico, os times que possuem o mando de campo no primeiro jogo do confronto e em negrito os times classificados.
| Quartas-de-final | Semifinais | Final | ||||||||||||||||
| 30 de setembro a 9 de outubro | 15 a 23 de outubro | 29 de outubro e 5 de novembro | ||||||||||||||||
 Botafogo-SP
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0 | 0 | 0 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 ABC*
|
0 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| ABC
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4 | 0 | 4 | |||||||||||||||
| Guarani
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0 | 6 | 6 | |||||||||||||||
 ASA
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3 | 0 | 3 | |||||||||||||||
| Guarani*
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1 | 3 | 4 | |||||||||||||||
| Guarani
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1 | 0 | 1 | |||||||||||||||
 Boa Esporte
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1 | 3 | 4 | |||||||||||||||
 Juventude* (gf)
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0 | 1 | 1 | |||||||||||||||
 Fortaleza
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0 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| Juventude
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1 | 1 | 2 | |||||||||||||||
| Boa Esporte
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2 | 2 | 4 | |||||||||||||||
 Botafogo-PB
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0 | 0 | 0 | |||||||||||||||
| Boa Esporte*
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0 | 1 | 1 | |||||||||||||||
*Classificados à Série B de 2017.