O clube fez sua primeira participação em competições nacionais na Copa do Brasil 2010, cuja vaga foi conquistada com o título da Copa Governo do Estado 2009. O São Domingos enfrentou o Sampaio Corrêa e no primeiro jogo, no Batistão, empatou por 1 a 1. Mas na partida partida de volta, no estádio Nhozinho Santos, foi eliminado ao ser derrotado por 2 a 1.[2]
Na noite de 28 de novembro de 2012, em reunião realizada na sede da Federação Sergipana de Futebol, a diretoria do São Domingos informou o fim do time devido a problemas financeiros e falta de apoio.[3]