Na segunda temporada de Jesus, a perda de Ángel Di María e Ramires foi devastadora para a equipa. Ele transferiu Carlos Martins para a direita como substituto de Ramires. Nicolás Gaitán chegou à Luz para substituir Di María. Estas mudanças tiveram como efeito imediato a quebra do futebol de alta pressão e ritmo acelerado dos anos anteriores. No final de setembro, o Benfica encontrava-se já a nove pontos do FC Porto, diferença que nunca recuperou.
Em dezembro de 2010, Eduardo Salvio substituiu Carlos Martins e o Benfica mudou para uma formação mais comum de 4–4–2, com dois extremos para fornecer largura, um médio ofensivo combinado com um médio defensivo. Essa decisão levou a uma boa sequência de vitórias e Jesus superou o recorde mantido pela equipe de Jimmy Hagan de 1972-73, com 16 vitórias consecutivas, incluindo uma vitória por 2-0 no VfB Stuttgart para a Liga Europa da temporada (4–1 no agregado), a primeira vitória do Benfica na Alemanha.
À medida que o cansaço começou a influenciar os jogadores mais utilizados, novas infelicidades aconteceram com o clube da Luz. O Benfica não conseguiu manter uma vantagem de 2-0 sobre o FC Porto e perdeu a oportunidade de chegar à final da Taça de Portugal. Uma derrota por 1-0 em SC Braga impediu o Benfica de chegar à final da Liga Europa. Contudo, a nível interno, o Benfica conseguiu ainda conquistar a sua terceira Taça da Liga, batendo o Paços de Ferreira.
Em janeiro, o recorde de transferências de inverno português foi quebrado quando David Luiz foi para o Chelsea por € 25 milhões. O recorde foi posteriormente superado a 31 de janeiro de 2014 por outro jogador do Benfica, quando os direitos económicos de Rodrigo foram vendidos a uma empresa de investimento por € 30 milhões.