Fundada em 1915, sua colonização iniciou-se na década de 1880 por Luís Correia Neves Filho, Antônio Trajano dos Santos e Protásio Garcia Leal. Seu nome origina-se das três lagoas que existem na região. A cidade apresenta uma razoável distribuição de renda e não possui bolsões de pobreza. Ainda de acordo com o Atlas do Desenvolvimento Humano do PNUD, uma média de 96,93% dos domicílios treslagoenses possuíam acesso a energia elétrica, água encanada e coleta de lixo no ano de 2000. A cidade também não possui favelas ou similares. Trata-se de um centro regional e tem todas as amenidades necessárias em um centro urbano. O município tem correspondido de maneira positiva às pesquisas de órgãos como PNUD, que se baseiam em expectativas quanto a infraestrutura e qualidade de vida. Situada em um entroncamento das malhas viária, fluvial e ferroviária do Brasil, possui acesso privilegiado às regiões Centro-Oeste, Sudeste e Sul do país e a países da América do Sul. Apresenta grande potencial turístico e industrial.
O distrito foi criado pela lei nº 656 de 12 de junho de 1914, pertencente a Sant'Anna do Paranaíba. A Vila de Três Lagoas cria-se pela lei estadual nº 706, de 15 de junho de 1915, ainda parte da Comarca de Paranaíba, mas, emancipada politicamente. É nomeado o intendente-geral interino, o Dr. Sebastião Fenelon Costa, assim como os primeiros vereadores. Torna-se município em agosto do mesmo ano de 1915. No dia 8 desse mês, são realizadas eleições para a presidência da Câmara Municipal, tendo sido eleito para presidente da mesma o coronel Antônio de Sousa Queirós e para vice-presidente o advogado Generoso Alves Siqueira. O desmembramento da comarca de Paranaíba acontece em 27 de dezembro de 1916, através do Decreto de Lei nº. 768, tomando posse do município as autoridades nomeadas pelo Governador do Estado. A vila de Três Lagoas recebe foros de cidade pela Resolução nº. 820, de 19 de outubro de 1920, durante o governo de Dom Francisco de Aquino Corrêa.
Apesar de Três Lagoas estar localizada dentro de Mato Grosso do Sul, a cidade recebe mais influência do estado de São Paulo do que do estado em que estrá localizado.
História
No início do século XX, a travessia do Rio Paraná para a região nordeste do atual estado de Mato Grosso do Sul era feita através de um porto no município Paranaíba.
Com a expansão da economiapaulista durante o período compreendido entre o golpe militar de 1889 e os anos de 1930, predominados pela política do café-com-leite, a malha ferroviária do estado de São Paulo necessitava se expandir para possibilitar o escoamento de seu principal produto, o café. Utilizando-se mormente de empréstimos no exterior, tendo como garantias os lucros com o café e outros cauções por parte do Governo Federal, esse estado passou a investir em sua infra-estrutura, beneficiando, assim, os estados vizinhos.
José Luís Barbosa, conhecido como Zequinha Barbosa, (Três Lagoas, 27 de maio de 1961) é um ex-atleta brasileiro. Foi campeão mundial indoor dos 800 metros rasos em 1987, em Indianápolis (EUA). Também foi prata no Mundial de pista coberta em 1989, em Budapeste (Hungria). Em pista aberta, foi bronze em Roma (Itália), em 1987, e prata em Tóquio (Japão), em 1991. Também participou de quatro jogos olímpicos. Em novembro de 2004, Zequinha Barbosa foi condenado pela Justiça do Mato Grosso do Sul a cinco anos de prisão por crime de abuso sexual contra adolescentes